元々存在する空間の中で行う工事の為（屋根裏や床下なども同じ）莫大な費用はかかりませんが、通常のフロア工事にプラスして床を貼ったり、スキップフロア下部を収納にしたりする手間賃と材料費が追加でかかります。
平均的には1坪20万円～25万円位ですので今回の間取りのスキップフロア（1.5坪）だと30万円～37.5万円位のプラスになると思います。
収納確保の為に坪数を増やしたり、3階建にする事と比べたら費用対効果的に考えてかなり安いと思います。
ただし、規格住宅を扱っているハウスメーカーさんでは特殊工事という扱いとなり、高額な追加費用がかかる場合もありますのでご注意ください。

私は普段からお客様のご要望以上に建物の基本性能にあわせたプランニングを心がけています。 今回の間取りを実際に建築する際の条件は以下の5点です。
① 建物の断熱性能をZEH（ゼロエネルギーハウス）仕様
② 熱交換型の第一種換気システムの採用
③ 空気の対流が少ない輻射熱タイプの暖房器具の採用（床暖房や蓄熱ヒーター）
④ 住み心地とは建物の性能（数値）だけでは不十分です。湿度コントロールに適した内装材
（壁に部分的でもよいので、しっくいや珪藻土、板張り等をおすすめします）
⑤ 窓は樹脂窓を採用し、東面と西面のガラスは遮熱タイプ。南面と北面のガラスは断熱タイプを採用。

暖房器具ですが、空気の対流が少ない床暖房をおすすめしますが、床暖房でないと寒いわけではありません。
1番大切なのは「建物の基本性能」です。
また夏の暑さ対策についても冬同様、まずは外気の影響を受けにくい断熱性能仕様にし、直射日光の影響が大きい東面と西面のガラスを遮熱タイプにした方がよいと思います。