3階のトイレを今の横配置から縦配置にする。またはトイレを介してで宜しければトイレの北側の屋根部分を収納にする事が可能です。
北側斜線があり、大部分の天井が斜めに下がる為、一部分的しか利用できませんがコストと相談しながら広げるのも選択肢のひとつだと思います。
ちなみにコスト的には25万～50万円位のアップだと思います。

メリット

• 1階の建築面積がかせげる為、結果的に延床面積を増やしやすくなる。
• 雨の日でも車の乗り降りで濡れる事がなく、買い物後の荷物おろしがラク。
• 車の寿命がのびる。
• 車が汚れずらい。

デメリット

• 質問にもありましたが排気ガスの問題はあります。解決策としてはガレージ専用の換気扇を設置するか側面の壁に開口又は窓を設ける事をおすすめしております。
• 1階の壁量が減る為、構造材のサイズを大きくしたり、金物で補強したり等の対策が必要となる為その面ではコストアップになりますが、その分大工さんの造作工事が減る為相殺されるレベルだと思います。

マジックミラー的なフィルムを貼る事でほとんど見えなくなります。しかしデメリットとしては日射も入りにくくなる為室内が多少暗くなります。
型ガラス（くもりガラス）であれば光が拡散されるだけで明るさも保ちプライバシーも確保できますが、その分室内からも外が見えなくなります。
道路からの目線だけであれば、床から1.5m位までを型ガラスする。又は床から1.5mから上だけ窓にする。という方法もあります。