ペット用フローリングも滑りにくくおしっこに強いものが商品としてあります。
壁紙もペット用壁紙でニオイを吸着分解するものが商品としてあります。キズ防止であれば壁紙の上に貼るペット用シートという商品もあります。
ニオイの問題であればリクシルさんの「エコカラット」というタイルがおすすめで、消臭効果と調湿効果に優れた商品です。トイレの壁の一部に貼ったり、リビングの一部に貼ったり、おしゃれなアクセントにもなりおすすめです。

仕上げ材でなく下地材でも消臭効果が期待できる商品であれば吉野石膏さんの「プラスターボード」です。せっこうボードのハイグレード版です。ハイグレードと言っても家一軒分（壁・天井全て）で５万円以内で収まるのでコストパフォーマンスは良いです。

ワンちゃんのしつけしだいだと思いますが、キッチンへの侵入防止という点だけであればゲートで十分だと思います。
しかし、毛やほこりまで考慮すると完全に仕切った方が間違いないと思います。