2台のパソコンのどちらをサーバーにしたらいいかわからない

「どちらのパソコンをクライアントにすると便利か」をお考えいただいたほうがわかりやすいかもしれません。

どこでも！マイ ドキュメントは、ファイルのアップロードやダウンロードの操作をすべてクライアントパソコンで行います。
外出時に持ち歩くモバイルPCからファイル操作を行いたいなら、モバイルPCをクライアントとして、他方のパソコンをサーバーとするとよいと思われます。

また、実際に使いはじめてみて、逆が便利だと思われた時は、プログラムを入れ替えることも可能ですので、ひとまずインストールしてお試しください。

＜参考＞

どこでも！マイ ドキュメントの導入例とライセンス数
複数人でご利用の場合も含め、導入例をまとめた資料です。

FAQ：サーバーパソコンを変更したい
サーバーとクライアントを入れ替えるときに、ご参照ください。