前回同期以降に両方のマシンでファイルを更新した場合
前回同期後に同じファイルをどちらのコンピュータでも更新していた場合は、
「矛盾」しているファイルとカウントされ、同期対象外になります。

この場合、どちらのファイルを優先するかを手動で決定すれば、同期できます。

矛盾したファイル内容の表示画面